Salut,
Tu n'as pas laissé le lien du tuto.
Cet article (en anglais) confirme l'information que tu donnes. La notation avec les % indique qu'il s'agit d'une variable. Le plus souvent, %windir% correspondra en fait à C:\Windows, donc C:\Windows\Resources\Themes.
En ligne de commande, tu peux aussi taper directement : cd %windir%\Resources\Themes
Je ne pense pas qu'il y ait de site qui centralise les thèmes Windows (note: ça existe pour Linux avec Gnome/KDE...). Apparemment pas mal de thèmes Windows sont créés par la communauté DeviantArt, où il est peu probable qu'une personne fournisse un fichier dangereux avec son thème.
Cependant certains thèmes exigent qu'on installe d'autres applications (UXThemePatcher, et d'autres...). Si c'est le cas il faut effectivement prendre soin de récupérer ces .exe depuis des sources sûres (sites d'origine autant que se peut).
Justgeek semble grand public donc le risque d'erreur et de danger me paraît acceptable. Le problème est global à Windows, c'est qu'il n'y a pas vraiment de source de confiance pour l'installation de nouveaux logiciels (alors que c'est la norme avec les distributions Linux).