Le chiffrement, c'est le nom correct pour parler «d'encryptage» des données :p
Donc les chiffrer, de manière à ce qu'elles ne puissent pas être lues par autrui, sur votre disque dur, ou sur vos échanges par internet.

Framablog a traduit dans une série de billets les propos d'un auteur anglophone, Micah Lee.
Il s'agit d'une micro-réponse au climat NSAesque dont la presse parle beaucoup ces derniers temps.

http://www.framablog.org/index.php/post/2013/10/19/Le-chiffrement-maintenant-compil

Le résultat est dispo au format
ODT: http://www.framablog.org/public/_docs/Le_chiffrement_maintenant_un_fichier.odt
PDF: http://www.framablog.org/public/_docs/encryption_works.pdf

Ce manuel assez court et aussi incomplet, mais a l'intérêt de refléter les outils actuels, et de constituer une bonne introduction !

En complément...
A titre informatif, un manuel plus complet est en cours d'écriture sur FlossManuals.
Vous pouvez aussi vous référer au très bien fait «guide d'autodéfense numérique» disponible à cette adresse: https://guide.boum.org