Oui mon cher flavo, peut être devrais-tu d'abord "savoir ce que tu veux"
Car je ne suis pas sûr qu'entre FAT, exFAT et NTFS, tu t'y retrouves si bien.
Normalement, si tu formates (rapide ou complet peu importe), la partition se retrouve dans le format que tu as indiqué. Donc ça n'est pas normal si ça n'a pas changé, ou bien tu t'es trompé.
Pour convertir sans perte de données, il me semble que ça ne se fait que dans le sens FAT vers NTFS, et pas l'inverse. Ca ne serait possible que si Windows était intelligent (et je crains qu'il ne le soit pas), c'est à dire qu'il prendrait soin de vérifier qu'aucun fichier de 4Go ne soit présent sur le disque dur au préalable.
Comme Cap, je te conseille de garder tout en NTFS, à moins qu'il y ait une raison qui ait motivé ton choix à vouloir conserver un système de fichier en FAT.
Note: il me semble que FAT32 et exFAT c'est un peu la même chose, exFAT étant juste une dénomination plus récente.