@le.bast,
C'est faux, un disque dur externe peut tout à fait être infecté, et c'est dangereux de croire l'inverse.
@narku,
Perso j'installe jamais les logiciels fournis, et j'utilise les miens propres dont je connais l'usage ... Sauf que, ça m'arrive jamais de faire de backups sous Windows.
Après petite recherche, je vois sur Framasoft:
http://www.framasoft.net/rubrique162.html ; FullSync, Synkron (pour synchroniser)
Abakt, Cobian Backup (pour faire des backups, c'est à dire des archives qui pourront être restaurées au besoin.
Après, l'usage de ces solutions n'est peut être pas des plus simples.
Je viens de repérer OSCAR qui a l'air intéressant, étant similaire à Symantec Ghost:
http://www.framasoft.net/article4787.html ; sauf que faut galérer pour pouvoir le chopper "gratuitement".
Mais ces questions de sauvegarde de données ça ne se limite pas à "utiliser un logiciel" (parmi ceux que l'on a nommé plus haut), c'est un ensemble de pratiques.
Par expl, il est recommandé de séparer les données système des données utilisateur, c'est à dire "windows et ses programmes" d'un côté et "musique, films, données persos" de l'autre. Et pour faire ça, il faut que le disque dur interne ait plusieurs partitions (ou avoir plusieurs disques durs internes).
Ensuite, tout devient plus simple car on peut: sauvegarder la partition système, conserver et mettre de côté les données perso et restaurer la partition système sans y toucher.
Un logiciel de backup ou de synchronisation ne devrait pas avoir à "tout" sauvegarder.